可是随着周延儒的失宠和郑三俊去职，陈演等人又正在煽动一起摧毁周延儒在朝势力的风潮，言官们的积怨终于爆发出来。再加上吴昌时平日招摇太甚，得罪的人很多，才有了这次对他的集中攻讦。

明朝的官僚向来彼此撕咬不休，但许多人共同攻击一个郎中级的小臣的事件却极为少见。崇祯皇帝正在邪火上撞的时候，见到劾书上有同首辅勾结操纵朝政、与宦官暗通声气及泄露机密等重大内容，立即对这宗案件表现出病态的关注。

在这时候，崇祯皇帝还收拾不了躲在通州大营的首辅周延儒，那就先收拾周延儒的首号爪牙——吴昌时吧！

崇祯皇帝执政从来就有一个保守机密、慎之又慎的原则，最忌讳宫中与外间，内阁与部僚互通消息。平日里有关重大事宜的本章 发往内阁，他都是亲自密封在黄绢小匣中，亲笔在封条上写好“某日某时送阁”；内阁票拟之后，原本章 连同票签再放在原来的小匣里，由阁臣密封“某日某时某臣等谨封”，再由他亲自启封。

这一套繁琐的办法，就是怕内臣或是中书一类办事人员有意无意了解了机密，泄露出去。而这个胆大妄为的吴昌时竟然既勾通内阁又勾通太监，觊觎大密，暗操朝政，这还了得？

为了不让手眼通天的吴昌时得到消息，他没有把攻击吴昌时的劾疏发往内阁，因为怕内官见了也会走露风声，劾疏就一直装在自己的袖子里，趁着身边没人才亲自批旨：立即将吴昌时除名，听候审判。

崇祯皇帝在处理吴昌时案时表现出的极度小心谨慎，实在有点疑神疑鬼，小题大做。但他自己却真是很郑重其事的。他平时亲自批的御旨，字都是真草相间，唯独这一次批旨全用楷书，无形中也反映出他当时的心态。

皇帝如此郑重，这样如临大敌，吴昌时要想躲过这场灾难已经不可能了。四月，崇祯皇帝再次在中左门平台上升堂断案，亲自审讯吴昌时。

这次审讯一派杀气腾腾，内阁、五府、六部大臣以及京卿、科道官员全部被召入，崇祯皇帝身着素服角带，更是一副要杀人的气势，太子和定王也随侍在身旁。

在此之前，锦衣卫密探已经向皇帝报告了周延儒与吴昌时狼狈为奸、纳贿营私的种种劣迹，围在崇祯皇帝身边的大太监们也摸准了他的脉，用真真假假的“事实”向周延儒大泼脏水，因此他在心里早已拿定了主意，审讯不过是为了耍耍威风，出出恶气。

没想到，吴昌时却是个硬骨头，对于所有指控一一辩解。崇祯皇帝特别痛恨吴昌时罪款中的“通内”，因为宦官内臣是他自己的家奴，却被朝臣中的小人利用，实在是情理难容。但吴昌时却说：“祖宗之法，交结内侍者斩。此法最为森严，臣虽不才，哪里敢触犯？”

崇祯皇帝喊来揭发吴昌时通内的御史蒋拱宸，要他当面对质。谁知蒋拱宸已经被周围的气氛和吴昌时的强硬态度吓破了胆，伏在地上浑身哆嗦，一句话也说不出来。崇祯皇帝被气得几乎也要发抖，只能大骂吴昌时欺瞒狡辩。吴昌时仍是不屈不挠，说：“如果皇上一定要以通内之罪坐臣，臣怎敢违抗圣意？处罚自当由臣承受，但要违心屈招，臣实不能。”

气昏了头的崇祯皇帝命宦官对吴昌时用刑。阁臣蒋德暻、魏藻德抗议道：“朝廷殿陛之间，向来没有用刑的先例。请将吴昌时发送法司审问。”

可崇祯皇帝却说：“这样的奸党，神通广大，若离开此地，谁还敢按法律对他勘问？”

两个阁臣仍然说：“在殿陛用刑，实为三百年来未有之事！”