这次大战过后，琼华派的长老死的死，隐居的隐居，仙剑四男主云天河的父亲云天青，和望舒剑宿主夙玉，带着望舒剑出逃。

羲和剑宿主玄霄因走火入魔而被冰封。

这才让资质平平的夙瑶，阴差阳错地担任第二十五代掌门。

由于夙瑶妒才之心，门派中资质聪颖的人被她打压，琼华的实力再次下降了许多。

而且，夙瑶野心极大，也想着凭借着琼华双剑，网缚妖界，妄图飞升成仙。

又过了十九年，玄霄在云天河的帮助下，得以破冰而出，与夙瑶再次利用双剑打开妖界入口，妖界入口防止琼华派攻入的结界也被玄霄夙瑶合力破除。

琼华弟子再次闯进妖界厮杀。

玄霄等人夺取足够灵力后才撤去双剑，妖界这才摆脱束缚，入口关闭。

后来，天帝伏羲得知此事，降下法旨，命九天玄女降下天火，焚烧琼华派，并将琼华弟子打入东海漩涡中囚禁千年，玄霄因心魔已成，被打入东海漩涡最深之处。

夙瑶最后悔悟，在九天玄女面前认错，态度良好，被予以宽大处理，九天玄女将夙瑶的千年之刑减为500年。

由于琼华陨落大地，势必会殃及昆仑山下的百姓。

云天河从玄霄口中得知，将神龙之息和后羿射日弓的力量结合起来，就可以彻底毁灭陨落的琼华派。

最后，云天河将这两股力量结合，射向琼华，琼华派在一阵耀眼的光芒中化为灰烬。

琼华派历经二十五代掌门自此被灭，从修仙门派中除名。

而云天河也因此双目失明。

这就是有关琼华派的兴衰。